Em dezembro de 1927, Alto Araguaia foi contemplada com a chegada das Irmãs Salesianas, que criaram o Instituto Maria Auxiliadora, que fechou em 1934 e reabriu em junho de 1939. A Instituição funcionou como escola particular em regime de externato e internato durante anos. Tornou-se órgão estadual em março de 1974. O regime de internato continuou até 1987.

 Hoje, a Escola Maria Auxiliadora é estadual, gratuita e integra a Rede Salesiana de Escolas. A Rede Salesiana de Escolas é uma parceria celebrada entre os salesianos e as filhas de Maria Auxiliadora do Brasil. O maior objetivo é unificar as escolas salesianas através das práticas didáticas que são desenvolvidas pelas equipes educadoras de acordo com a visão humanística e cristã. A rede começou em 2001 em parceria com outras instituições de Ensino Fundamental e Médio, e hoje inclui 118 instituições, cerca de 90 mil alunos e 4 mil educadores.

 Todo o corpo docente usa da estratégia inicial que desenvolve a importância da elaboração de material didático pedagógico, através de livros que levam à reflexão de forma compatível com a ciência na contemporaneidade e valores que são da educação salesiana. A Escola Estadual Maria Auxiliadora de Alto Araguaia, ao longo dos seus 88 anos de história, segue os preceitos descritos anteriormente e é conhecida por ter um ensino de qualidade. Mesmo a escola sendo administrada por Irmãs e de sistema confessional católico, também recebe alunos das mais diversas religiões.

 Ao todo, em Mato Grosso, são cinco escolas Salesianas, todas gratuitas. Um dos pontos fortes da Escola Maria Auxiliadora em Alto Araguaia é ser gratuita, tradicional e ter um corpo docente com formação superior. A escola tem uma infraestrutura excelente, além da tradição de 88 na educação.

 Atualmente, a escola conta com 714 alunos, sendo no período matutino as turmas do 6º ao 9º ano e no vespertino, as turmas do 1º ao 5º ano, oferecendo apenas ensino fundamental. Os professores são diversificados e a seleção é feita pela Secretaria de Estado da Educação.

 A escola desperta interesse em todos os moradores, fazendo com que os alunos sejam de diferentes bairros e até da cidade vizinha de Santa Rita de Araguaia (GO). A escola trabalha com atividades extracurriculares como dança, teatro, voleibol e futsal, que são ministradas nos contra-turnos de aulas. As aulas de vôlei e futsal são ministradas por professor voluntário.